查干湖自然保护区内保持着较好的生物多样性，生物物种繁多，有爬行类3目3科5种，两栖类1目3科4种，兽类4目6科25种，鸟类239种，鱼形类46种，昆虫446种，植物426种。鸟类中有国家一级重点保护的白头鹤、东方白鹳、丹顶鹤、大鸨等8种，国家二级重点保护的大天鹅、黑脸琵鹭等35种。鱼类总数为2纲6目13科46种，占全省总种类数的46.0％，其中查干湖鳙鱼(俗称胖头鱼)获得了国家AA级绿色食品和有机食品双认证。查干湖地区有丰富的芦苇资源和其他经济植物，共有药用植物149种，饲用植物23种，食用植物12种。此外还有一些观赏植物，是我国重要的有机渔业生产基地和芦苇生产基地。 

  查干湖开发区成立以来，在各级党委、政府的正确领导下，各项经济指标和社会事业得到了长足发展。目前，查干湖开发区先后获得了国家AAAA级旅游景区、国家水利风景区、国家级自然保护区和中国县域旅游品牌百强景区等多张国家级名片，已成为东北重要渔业生产基地、吉林省西部草原旅游风景区、吉林省绿色食品鱼发展基地和吉林省发展生态环保型效益经济的示范区。2008年，“查干湖冬捕习俗”被列入国家级非物质文化遗产名录。2009年，查干湖胖头鱼成功申报国家地理标志产品保护。我国著名的电视剧《圣水湖畔》就是在此处拍摄的。 

   查干湖具有重要生态功能，尤其是湿地生态功能，具有典型北方湿地特点，体现在以下几个方面： 

  一是水土保持功能。查干湖具有较强的气候调节功能，是调节我省西部干旱地区的重要保障，湿地拥有的水体每年可向大气输送的水量达4.23亿m³，相当于同等陆地面积的3倍，对区域小气候的调节功能，将使区域大气湿度大大提高，诱发降水，从而促进区域水循环；水资源的陆场分配有利于减轻区域沙化、盐碱化进程和扩展，有利于区域内的作物生长。 

   二是保护生物多样性功能。查干湖湿地具有较好的生物多样性，加强查干湖湿地保护，保持良好的水生态环境，将有效改善各类野生动植物的生境。特别是查干湖连同我国东北亚各地的自然保护区群，构成我国东北地区及俄罗斯远东地区、朝鲜半岛等地鸟类迁徙重要通道，在国内、外珍稀、濒危鸟类保护战略中具有极为重要的地位。 

   三是湿地资源功能。查干湖自然保护区有着丰富的湿地资源。“自然风光，天然渔场”的特色，也使查干湖成为国内外知名旅游地，被评为国家AAAA级旅游区、国家级水利风景区，2009年“查干湖冬捕景观”成功入选“吉林八景”，目前年旅游人次达到100万以上。

    2012年，查干湖被国家财政部、环保部列为第二批湖泊生态环境保护试点。